Benzalkoniumchlorid er hygroskopisk og kan blive påvirket af lys, luft og metaller.
Opløsninger er stabile over et bredt pH og temperaturområde og kan steriliseres ved autoklavering uden tab af effektivitet.
Løsninger kan opbevares i længere perioder ved stuetemperatur. Fortyndede opløsninger, der er opbevaret i polyvinylchlorid eller polyurethanskumbeholdere, kan miste antimikrobiel aktivitet.
Bulkmaterialet skal opbevares i en lufttæt beholder, beskyttet mod lys og kontakt med metaller, på et køligt, tørt sted.
