Benzalkoniumchlorid er hygroskopisk og kan blive påvirket af lys, luft og metaller.
Opløsninger er stabile over et bredt pH- og temperaturområde og kan steriliseres ved autoklavering uden tab af effektivitet.
Opløsninger kan opbevares i længere perioder ved stuetemperatur. Fortyndede opløsninger opbevaret i polyvinylchlorid- eller polyurethanskumbeholdere kan miste antimikrobiel aktivitet.
Bulkmaterialet skal opbevares i en lufttæt beholder, beskyttet mod lys og kontakt med metaller, på et køligt, tørt sted.
