Chlorid benzalkonium je hygroskopický a může být ovlivněn světlem, vzduchem a kovy.
Roztoky jsou stabilní v širokém rozsahu pH a teploty a mohou být sterilizovány autoklávováním bez ztráty účinnosti.
Roztoky mohou být uloženy po delší dobu při teplotě místnosti. Ředěné roztoky uložené v polyvinylchloridu nebo polyuretanových pěnových nádobách mohou ztratit antimikrobiální aktivitu.
Hromadný materiál by měl být uložen ve vzduchotěsné nádobě, chráněn před světlem a kontaktem s kovy na chladném a suchém místě.
