Benzalkoniumchlorid je hygroskopický a může být ovlivněn světlem, vzduchem a kovy.
Roztoky jsou stabilní v širokém rozmezí pH a teplot a mohou být sterilizovány autoklávováním bez ztráty účinnosti.
Roztoky mohou být skladovány po delší dobu při pokojové teplotě. Zředěné roztoky skladované v nádobách z polyvinylchloridu nebo polyuretanové pěny mohou ztratit antimikrobiální aktivitu.
Sypký materiál by měl být skladován ve vzduchotěsné nádobě, chráněn před světlem a kontaktem s kovy, na chladném a suchém místě.
