El clorur de benzalkonium és higroscòpic i pot estar afectat per la llum, l’aire i els metalls.
Les solucions són estables en un ampli rang de pH i temperatura i es poden esterilitzar mitjançant autoclavatge sense pèrdua d'efectivitat.
Es poden guardar solucions durant períodes prolongats a temperatura ambient. Les solucions diluïdes emmagatzemades en contenidors de clorur de polivinil o escuma de poliuretà poden perdre l’activitat antimicrobiana.
El material a granel s’ha d’emmagatzemar en un contenidor hermètic, protegit de la llum i el contacte amb els metalls, en un lloc fresc i sec.
