El clorur de benzalconi és higroscòpic i es pot veure afectat per la llum, l'aire i els metalls.
Les solucions són estables en un ampli rang de pH i temperatura i es poden esterilitzar mitjançant autoclau sense pèrdua d'eficàcia.
Les solucions es poden emmagatzemar durant períodes prolongats a temperatura ambient. Les solucions diluïdes emmagatzemades en contenidors de clorur de polivinil o escuma de poliuretà poden perdre activitat antimicrobiana.
El material a granel s'ha d'emmagatzemar en un recipient hermètic, protegit de la llum i del contacte amb metalls, en un lloc fresc i sec.
