Benzalkonijum hlorid je higroskopan i na njega mogu uticati svetlost, vazduh i metali.
Rastvori su stabilni u širokom rasponu pH i temperature i mogu se sterilizirati autoklavom bez gubitka djelotvornosti.
Rastvori se mogu čuvati duže vreme na sobnoj temperaturi. Razrijeđene otopine pohranjene u posudama od polivinil hlorida ili poliuretanske pjene mogu izgubiti antimikrobno djelovanje.
Rasuti materijal treba čuvati u hermetički zatvorenoj posudi, zaštićenoj od svjetlosti i kontakta s metalima, na hladnom i suhom mjestu.
