Benzalkonijum hlorid je higroskopan i može utjecati na svjetlost, zrak i metali.
Rješenja su stabilna u širokom pH i temperaturnom rasponu i mogu se sterilizirati autoklaviranjem bez gubitka učinkovitosti.
Rješenja se mogu pohraniti za duže razdoblje na sobnoj temperaturi. Razblažena rješenja pohranjena u polivinil klorid ili poliuretanske posude za pjenu mogu izgubiti antimikrobnu aktivnost.
Bulk materijal treba pohraniti u nepropusnom spremniku, zaštićen od svjetla i kontakta s metalima, na hladnom, suvom mjestu.
