Бензаллкониев хлорид е хигроскопски и може да бъде повлиян от светлина, въздух и метали.
Разтворите са стабилни в широк pH и температурен диапазон и могат да бъдат стерилизирани чрез автоклавиране без загуба на ефективност.
Разтворите могат да се съхраняват за продължителни периоди при стайна температура. Разредените разтвори, съхранявани в поливинилхлорид или контейнери за полиуретанова пяна, могат да загубят антимикробна активност.
Основният материал трябва да се съхранява в херметически контейнер, защитен от светлина и контакт с метали, на хладно, сухо място.
