Бензалкониевият хлорид е хигроскопичен и може да се повлияе от светлина, въздух и метали.
Разтворите са стабилни в широк диапазон на pH и температура и могат да бъдат стерилизирани чрез автоклавиране без загуба на ефективност.
Разтворите могат да се съхраняват за продължителни периоди при стайна температура. Разредените разтвори, съхранявани в контейнери от поливинилхлорид или полиуретанова пяна, могат да загубят антимикробна активност.
Насипният материал трябва да се съхранява в херметически затворен контейнер, защитен от светлина и контакт с метали, на хладно и сухо място.
