Metansülfon turşusu uçucu olmayan təbiəti və üzvi həlledicilərdə həll olması səbəbindən üzvi reaksiyalarda, yəni esterləşmə, alkilləşmə və kondensasiya reaksiyalarında katalizator kimi istifadə olunur.
O, həmçinin nişasta esterləri, mum oksidat esterləri, benzoik turşusu efirləri, fenolik esterlər və ya alkil efirlərinin istehsalında iştirak edir.
Bor-tetrahidrofuran kompleksi hazırlamaq üçün qütb həlledici tetrahidrofuranın iştirakı ilə natrium borhidridlə reaksiya verir.
Təmizliyi və xlorid olmaması səbəbindən batareyalarda tətbiq tapır. Əczaçılıq sənayesində telmisartan və eprosartan kimi aktiv əczaçılıq maddələrinin istehsalı üçün istifadə olunur.
O, ion xromatoqrafiyasında faydalıdır və bəzi qram-mənfi metilotrop bakteriyalar üçün karbon və enerji mənbəyidir. Peptidlərin qorunmasında iştirak edir.
