Methanesulfonic turşusu üzvi reaksiyalarda, yerli solventlərdə qeyri-uçucu olmayan təbiəti və həll olunmasına görə, üzvi reaksiyalarda, alkillik və kondensasiya reaksiyalarında bir katalizator kimi istifadə olunur.
Starch esterləri, mum oksidat esterləri, benzo turşusu esterləri, fenolik esterlər və ya alkyl esterlər istehsalında da iştirak edir.
Borane-Tetrahydrofuran kompleksini hazırlamaq üçün natrium borohydride natrium borohydride ilə reaksiya verir.
Saf və xlorid olmaması səbəbindən batareyalarda tətbiq tapır. Əczaçılıq sənayesində, Telmisartan və Eprosartan kimi aktiv dərman maddələrinin istehsalı üçün istifadə olunur.
İon xromatoqrafiyasında faydalıdır və bəzi qram mənfi metilotrop bakteriyalar üçün karbon və enerji mənbəyidir.