يستخدم حمض الميثان سلفونيك كمحفز في التفاعلات العضوية وهي تفاعلات الأسترة والألكلة والتكثيف بسبب طبيعته غير المتطايرة وقابليته للذوبان في المذيبات العضوية.
ويدخل أيضًا في إنتاج استرات النشا أو استرات أكاسيد الشمع أو استرات حمض البنزويك أو استرات الفينول أو استرات الألكيل.
يتفاعل مع بوروهيدريد الصوديوم في وجود رباعي هيدروفيوران المذيب القطبي لتحضير مركب بوران-رباعي هيدروفيوران.
يتم استخدامه في البطاريات بسبب نقائه وغياب الكلوريد. في صناعة الأدوية، يتم استخدامه لتصنيع المكونات الصيدلانية الفعالة مثل تيلميسارتان وإبروسارتان.
وهو مفيد في التحليل اللوني الأيوني وهو مصدر للكربون والطاقة لبعض البكتيريا سالبة الجرام الميثيلوتروبيك. ويشارك في إزالة حماية الببتيدات.