كلوريد البنزالكونيوم استرطابي وقد يتأثر بالضوء والهواء والمعادن.
تكون المحاليل مستقرة على نطاق واسع من الأس الهيدروجيني ودرجة الحرارة ويمكن تعقيمها عن طريق التعقيم دون فقدان الفعالية.
يمكن تخزين الحلول لفترات طويلة في درجة حرارة الغرفة. المحاليل المخففة المخزنة في حاويات كلوريد البوليفينيل أو رغوة البولي يوريثان قد تفقد النشاط المضاد للميكروبات.
يجب تخزين المواد السائبة في حاوية محكمة الإغلاق، محمية من الضوء وملامسة المعادن، في مكان بارد وجاف.
