Metaansulfonsuur word as 'n katalisator in organiese reaksies gebruik, naamlik veresterings-, alkilerings- en kondensasiereaksies as gevolg van die nie-vlugtige aard en oplosbaarheid daarvan in organiese oplosmiddels.
Dit is ook betrokke by die produksie van styselesters, wasoksidaatesters, bensoësuuresters, fenoliese esters of alkielesters.
Dit reageer met natriumboorhidried in die teenwoordigheid van polêre oplosmiddel tetrahidrofuraan om boraan-tetrahidrofuraan-kompleks voor te berei.
Dit vind toepassing in batterye, as gevolg van sy suiwerheid en chloried afwesigheid. In die farmaseutiese industrie word dit gebruik vir die vervaardiging van aktiewe farmaseutiese bestanddele soos telmisartan en eprosartan.
Dit is nuttig in ioonchromatografie en is 'n bron van koolstof en energie vir sommige gram-negatiewe metielotropiese bakterieë. Dit is betrokke by die ontskerming van peptiede.